Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Yayın Detection of virulence factors of Enterococcus faecalis isolated from the urinary system and evaluation of antibiotic resistance(MediHealth Academy Yayıncılık, 2024) Turan, Deniz; Gürler, BülentAims: Enterococci, which are among the leading causes of nosocomial infections, are opportunistic pathogens and cause urinary tract infections most frequently. The frequency of isolation increases especially in patients with urinary system anomalies or urological interventions. Although various virulence factors play a role in the pathogenesis of infections caused by enterococci, cytolysin, hemolysin and enterococcal surface protein (ESP) are among the frequently investigated virulence factors. In this study; It was aimed to investigate the relationship between the presence of virulence factors and antibiotic resistance in Enteroccus faecalis (E. faecalis) strains isolated from urine samples, as well as the effect of urinary catheter use on these factors. Methods: 100 strains isolated from urine samples sent to İstanbul University İstanbul Faculty of Medicine Medical Microbiology Laboratory and identified as E. faecalis with the VITEK 2 (biomerioux-France) GP identification kit were included in the study. Hemolysin and gelatinase, virulence factors, were determined phenotypically. The presence of the ESP gene was investigated by PCR using ESP11 and ESP12 primers. Antibiotic sensitivities were studied by disk diffusion and gradient strip methods, and the results were evaluated in accordance with CLSI and EUCAST recommendations. Results: Antibiotic resistance rates were found to be 2%, 31%, 1%, 22%, 37% for ampicillin, norfloxacin, nitrofurantoin, high-level gentamicin (HLG) and high-level streptomycin (HLS), respectively, while no strains resistant to vancomycin, linezolid and tigecycline were detected. When evaluated in terms of virulence factors; It was determined that 82% of the strains produced gelatinase, 67% produced ESP, and 35% produced hemolysin. No virulence factor was detected in eight strains. Conclusion: In our study, no significant relationship was found between the presence of virulence factors and antibiotic resistance and catheter application. However, since the most detected gelatinase and ESP are virulence factors that have the ability to colonize and form biofilms on abiotic surfaces, it is thought that minimizing catheterization practices may contribute to the prevention of UTIs that may develop with enterococci.Yayın Bakterilerin üremesi, besinsel ve fiziksel gereksinimleri, besiyerleri, koloni morfolojileri(Nobel Tıp Kitabevleri, 2023) Gürler, Bülent; Ağaçfidan, AliBakteri hücresinin bölünmesiyle oluşan üreme hücrede meydana gelen kimyasal ve fiziksel süreçlerin yürümesi sonucunda gerçekleşir. Hücrede meydana gelen bu fiziksel ve kimyasal süreçlerde hücre dışı kimyasal ve fiziksel faktörler etkili olmaktadır. Gerek laboratuvarda çalışan teknisyenler gerekse sağlık sektörünün her kademesinden personeline, gıda teknolojisiyle uğraşanlardan tüketiciye ve endüstriyel mikrobiyoloji alanında çalışanlara kadar insanların mikroorganizmaların nasıl ve ne şartlarda ürediği konusunda bilgi sahibi olmaları hem koruyucu önlemlerin alınması, hem de tüketim ve üretimde kalitenin yükseltilmesi açısından önemlidir.Yayın Laboratuvar güvenliği(Nobel Tıp Kitabevleri, 2023) Gürler, Bülent; Ağaçfidan, AliTıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarları yapılan işin doğası gereği çalışanlar için doğal risk içerir. Çünkü güvenlik mutlak ve ölçülebilir bir değer değildir, çoğunlukla hataları önlemek ve yönetmek zordur. Buna bağlı olarak, güvenli çalışma ile çalışanların karşılaşabileceği zararları azaltmak ve laboratuvar kontaminasyonunu önlemek için, güncel bilgiye dayalı laboratuvar risk yöntemleri sürekli değerlendirilmeli ve güvenlik uygulamaları yerine getirilmelidir.Yayın Mikroorganizma metabolizması(Nobel Tıp Kitabevleri, 2023) Gürler, Bülent; Ağaçfidan, AliCanlı organizmaların birinci fonksiyonları büyüme ve üremeyi gerçekleştirmektir. Üreme ve büyüme işlevleri hücrede meydana gelen kimyasal reaksiyonlar sonucu oluşur. Hücrede oluşan bu kimyasal reaksiyonların bütünü metabolizma olarak ifade edilir. Metabolik işlevler kimyasal komponentlerin parçalanması ve sentez reaksiyonları şeklinde sürer.Yayın Organizmalar arası simbiyotik ilişkiler(Nobel Tıp Kitabevleri, 2023) Gürler, Bülent; Ağaçfidan, AliMikroorganizmalar tabiatta canlı ve cansız ortamlarda çok yaygın olarak bulunurlar. Toprakta, havada, suda, bitkilerin üzerinde steril olarak kabul edilmeyen tüm ortamlarda, canlıların doğal florasında ve dış ortamla temas eden deri, mukoza üzerinde çeşitli mikroorganizmalar bulunmaktadır. Genellikle, tek tek değil, iki bazen de daha fazla etken tür ile birlikte yaşarlar ve bir populasyon halinde bulunur, yaşar ve ürerler.Yayın Sterilizasyon, dezenfeksiyon ve antisepsi(Nobel Tıp Kitabevleri, 2023) Gürler, Bülent; Ağaçfidan, AliHastaların tanı ve tedavilerinin yapıldığı çeşitli invazif girişimlerin ve laboratuvar tetkiklerinin yapıldığı yerler olan hastanelerde hijyenik şartlan oluşturmak önemlidir ve kısaca hastanelerde hijyen etkili bir temizlik programıyla başlar. Sadece organik artıkların ve bölgede yerleşmiş olan mikroorganizmaları değil, sanitasyon uygulanan ve hijyenik olmasına özen gösterilmesi gereken bölgelerin temizliğinin devamlılığı da önemlidir. Organik artıkların varlığı bazı dezenfektanların aktivitesinin azalmasına veya yok olmasına da neden olur. Bu nedenle bazı dezenfektanları (örn. hipokloritler) bu tür ortamlarda aktivite kayıplarına uğrayacağından dezenfektan maddeler kullanılmadan önce sıcak, yoksa soğuk su ve deterjanla mekanik temizliğin yapılması önerilir.Yayın Antibiotic adjuvant activities of quorum sensing signal molecules DSF and BDSF against mature biofilms of Staphylococci(Taylor & Francis, 2024) Bilgin, Merve; Döşler, Sibel; Ötük, GültenAmong promising antibiofilm compounds, quorum-sensing (QS) molecules that regulate biological processes such as biofilm formation and intra- or interspecies communication appear to be good candidates. The invitro antibiotic-adjuvant effects of QS molecules diffusible signal factor (DSF) and B. cenocepacia producing-DSF (BDSF) were investigated against mature Staphylococcal biofilms. Broth microdilution methods were used for the determinations of MIC, MBC, MBIC, and MBEC, and bactericidal activities were determined by TKC method. The lowest MICs were obtained with ciprofloxacin and gentamicin, and MBECs with ciprofloxacin. DSF and BDSF at 0.5 µM decreased the MICs as 2–8, and 2–32 fold, respectively. In TKC studies, –cidal activities were achieved by BDSF + gentamycin, or ciprofloxacin, and DSF + daptomycin, vancomycin, meropenem or gentamycin combinations. Synergistic effects were generally obtained with BDSF + gentamicin combinations, followed by DSF + daptomycin against most S. aureus; while BDSF + gentamicin or ciprofloxacin, and DSF + vancomycin or meropenem were synergist against some S. epidermidis biofilms. Also, the antagonist effects were observed with BDSF + meropenem or ciprofloxacin against each MSSE and MSSA. It is estimated that these QS molecules, although it was strain dependent, generally enhanced the antibiotic activity, and would be a new and effective treatment strategy for biofilm control, either alone or as an antibiotic adjuvant.Yayın Streptococcus Milleri Grup (SMG) bakterilerinin biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanması(İstanbul Üniversitesi, 2023) Günel, Gülşen; Gürler, BülentAmaç: Streptococcus milleri grubu (SMG) bakterilerin, moleküler, biyokimyasal ve yarı otomatize tekniklerle tür ayırımının yapılması ve tedavide sık kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılık sonuçlarının araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışma, SMG bakteriler ile ilgili bazı önemli noktalara dikkat çekmek ve epidemiyolojik olarak önemini tespit etmek için planlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza 100 streptokok cinsi bakteri dahil edilmiştir. Tür tanımlaması için biyokimyasal testler ve API 20 STREP yarı otomatik identifikasyon kiti kullanılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hedef gen bölgeleri (HYL-MIX-U, HLY-INT- D, HLY-CC-D, 16S-ANG-U, 16S-ANG-D, ILY-4DFw, ILY-wholeC Bw) çoğaltılarak tür tanımlamaları doğrulanmıştır. Bulgular: Tüm örneklerin Voges-Proskauer (VP) deneyi pozitif, hipurat hidrolizi ve pirolidonil arylamidaz (PYR) negatif olarak saptanmıştır. Tüm suşlar Lancefield grup antijeni açısından değerlendirilmiş olup, %42 G, %26 F, %5 ise C grup antijenine sahip olduğu bulunmuştur. Suşların %27’sinin ise Lancefield grup antijenleri ile antijen tipi saptanamamıştır. 100 suşun tamamı vankomisin, seftriakson, sefepim, sefotaksim, levofloksasin, linezolid antibiyotiklerine duyarlı olarak bulunmuştur. Suşlarda, %16 eritromisin, %6 klindamisin, %5 tetrasiklin, %1 kloramfenikol direnci saptanmıştır. Ampisilin ve penisilin direnci E-test yöntemi ile saptanmış ve %1 ampisilin/penisiline dirençli Streptococcus anginosus suşu, %2 ampisiline orta duyarlı S. anginosus suşu saptanmıştır. API 20 STREP sonuçlarına göre bakterilerin %41 cins bazında tanımlanmış, %45’i S. anginosus, %5’i Streptococcus constellatus, %1’i Streptococcus intermedius olarak sonuçlandırılmıştır. Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonuçları ise %56 S. anginosus, %24 S.constellatus, %8’i S. intermedius olarak saptanmıştır. Suşların %12’sinde herhangi bir bant saptanamamıştır. Sonuç: Streptococcus milleri grubun biyokimyasal identifikasyon şemasının henüz tam olarak tanımlanmadığı saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarımıza göre SMG’de direnç gelişimi ciddi boyutta değildir. Grubu tanımlamada ticari kitlerin yetersiz olabileceği ve yapılacak çalışmaların mutlaka moleküler bir yöntemle desteklenmesi gerekmektedir. Streptococcus milleri grubun biyokimyasal identifikasyon şemasının henüz tam olarak tanımlanmadığı saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarımıza göre SMG’de direnç gelişimi ciddi boyutta değildir. Grubu tanımlamada ticari kitlerin yetersiz olabileceği ve yapılacak çalışmaların mutlaka moleküler bir yöntemle desteklenmesi gerekmektedir.Yayın Antimicrobial activity of pulicaria species from Turkey(İstanbul Üniversitesi Yayınları, 2021) Özdemir Nath, Ebru; Bilgin, Merve; Gürdal, BaharObjective: In traditional medicine, the Pulicaria species are used for various disorders such as inflamed wounds, skin diseases, and bronchitis. This study investigated the antibacterial effect of five Pulicaria species in Turkey; (Pulicaria (P) arabica (L.) Cass., P. dysenterica (L.) Bernh., P. odora (L.) Reichb., P. sicula (L.) Moris, P. vulgaris (L.) Gaertn.) against certain significant pathogenic gram-negative and gram-positive reference bacteria. Material and Method: Four extracts (decoction, infusion, aqueous, and ethanol (EtOH) extracts) were prepared from the Pulicaria species. The antimicrobial activity of the samples was examined against reference organisms; Bacillus (B) subtilis, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Methicillin-resistant Staphylococcus (S) aureus (MRSA), Proteus mirabilis, S. aureus and Pseudomonas aeruginosa. The minimal bactericidal concentration (MBC) and minimum inhibitory concentration (MIC) ranges of the extract samples were demonstrated based on a microbroth dilution method. Results: The EtOH extracts of the studied four Pulicaria species were found to be weakly active against gram-positive bacteria such as B. subtilis, MRSA and S. aureus but the EtOH extract of P. dysenterica showed exceptionally good activity against the reference strains of S. aureus, MRSA. No antimicrobial activity was detected in the infusion, decoction, and aqueous extracts. Conclusion: The Pulicaria species, especially P. dysenterica could be evaluated as antimicrobial agents. Further studies with the extracts and essential oils from Pulicaria sp. on other bacteria and pathogenic fungi should be performed.Yayın Synthesis, characterization and biological evaluation of 1,3-thiazolidine-4-ones derived from (2S)-2-benzoylamino-3-methylbutanohydrazide hydrazones(Marmara University Press, 2021) Tatar, Esra; Küçükgüzel, İlkay; Ötük, Gülten; Bilgin, Merve; De Clercq, Erik; Andrei, Graciela; Snoeck, Robert; Pannecouque, Christophe; Kaushik-Basu, NeerjaNovel 2-aryl-5-non-substituted / methyl-1,3-thiazolidine-4-one derivatives 14-33 carrying L-valine core were synthesized by the reaction of acylhydrazones 4-13 with thioglycolic acid / thiolactic acid. Structures of all synthesized compounds 14-33 were confirmed by IR, H-1-NMR and HR-MS analysis and C-13-NMR were recorded for selected compounds 17, 21, 28 and 30. None of the compounds 14-33 showed activity against HIV-1 (strain IIIB) or HIV-2 (strain ROD) in an MT-4/MTT based assay. Compounds 14-33 were also screened against Feline Corona Virus (FIPV), Feline Herpes Virus, HSV-1(KOS), HSV-1 (TK-KOS ACVr), HSV-2 (G), Vaccinia virus, Vesicular stomatitis virus, Cytomegalovirus, Varicella-Zoster virus, Respiratory syncytial virus, Coxsackie B4 virus, Parainfluenza-3 virus, Reovirus-1, Sindbis virus and Punta Toro virus, but none of them showed antiviral activity at subtoxic concentrations. Anti-HCV NS5B RdRp activity of some selected compounds from the series 14-33 were found to vary between 4.1-27 % at the concentration of 100 mu M. In vitro antibacterial activity evaluation of selected compounds 16-23 and 25-32, against Staphylococcus aureus ATCC 25923, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Klebsiella pneumoniae ATCC 4352, Bacillus subtilis ATCC 6633, Staphylococcus epidermidis ATCC 12228, MRSA and antifungal activity against Candida albicans ATCC 10231 resulted in the MIC values between 625->5000 mu g/ml.
