Streptococcus Milleri Grup (SMG) bakterilerinin biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanması
Yükleniyor...
Tarih
2023
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
İstanbul Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Amaç: Streptococcus milleri grubu (SMG) bakterilerin, moleküler, biyokimyasal ve yarı otomatize tekniklerle tür ayırımının yapılması ve tedavide sık kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılık sonuçlarının araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışma, SMG bakteriler ile ilgili bazı önemli noktalara dikkat çekmek ve epidemiyolojik olarak önemini tespit etmek için planlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza 100 streptokok cinsi bakteri dahil edilmiştir. Tür tanımlaması için biyokimyasal testler ve API 20 STREP yarı otomatik identifikasyon kiti kullanılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hedef gen bölgeleri (HYL-MIX-U, HLY-INT- D, HLY-CC-D, 16S-ANG-U, 16S-ANG-D, ILY-4DFw, ILY-wholeC Bw) çoğaltılarak tür tanımlamaları doğrulanmıştır. Bulgular: Tüm örneklerin Voges-Proskauer (VP) deneyi pozitif, hipurat hidrolizi ve pirolidonil arylamidaz (PYR) negatif olarak saptanmıştır. Tüm suşlar Lancefield grup antijeni açısından değerlendirilmiş olup, %42 G, %26 F, %5 ise C grup antijenine sahip olduğu bulunmuştur. Suşların %27’sinin ise Lancefield grup antijenleri ile antijen tipi saptanamamıştır. 100 suşun tamamı vankomisin, seftriakson, sefepim, sefotaksim, levofloksasin, linezolid antibiyotiklerine duyarlı olarak bulunmuştur. Suşlarda, %16 eritromisin, %6 klindamisin, %5 tetrasiklin, %1 kloramfenikol direnci saptanmıştır. Ampisilin ve penisilin direnci E-test yöntemi ile saptanmış ve %1 ampisilin/penisiline dirençli Streptococcus anginosus suşu, %2 ampisiline orta duyarlı S. anginosus suşu saptanmıştır. API 20 STREP sonuçlarına göre bakterilerin %41 cins bazında tanımlanmış, %45’i S. anginosus, %5’i Streptococcus constellatus, %1’i Streptococcus intermedius olarak sonuçlandırılmıştır. Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonuçları ise %56 S. anginosus, %24 S.constellatus, %8’i S. intermedius olarak saptanmıştır. Suşların %12’sinde herhangi bir bant saptanamamıştır. Sonuç: Streptococcus milleri grubun biyokimyasal identifikasyon şemasının henüz tam olarak tanımlanmadığı saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarımıza göre SMG’de direnç gelişimi ciddi boyutta değildir. Grubu tanımlamada ticari kitlerin yetersiz olabileceği ve yapılacak çalışmaların mutlaka moleküler bir yöntemle desteklenmesi gerekmektedir. Streptococcus milleri grubun biyokimyasal identifikasyon şemasının henüz tam olarak tanımlanmadığı saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarımıza göre SMG’de direnç gelişimi ciddi boyutta değildir. Grubu tanımlamada ticari kitlerin yetersiz olabileceği ve yapılacak çalışmaların mutlaka moleküler bir yöntemle desteklenmesi gerekmektedir.
Objective: The aim of this study was to differentiate the strains of Streptococcus milleri group (SMG) bacteria using molecular, biochemical and semi-automated techniques and to investigate the results of susceptibility to commonly used antibiotics in treatment. It was anticipated that the study would draw attention to some important points about SMG bacteria and to determine their epidemiological importance. Materials and method: A total of 100 streptococcal bacteria were included in our study. Biochemical tests and the API 20 STREP semiautomatic identification kit were used for species identification. Species identifications were confirmed by amplification of the target gene regions (HYL-MIX-U, HLY-INT-D, HLY-CC-D, 16S-ANG-U, 16S-ANG-D, ILY-4DFw, ILYwholeC Bw) by polymerase chain reaction (PCR). Results: Voges-Proskauer tests of all strains were positive, whereas hippurate hydrolysis and pyrrolidinyl arylamidase (PYR) tests were negative. All strains were evaluated in terms of Lancefield group antigen, and it was found that 42% were G, 26% were F, and 5% were C group antigen. It was not possible to determine antigen type with Lancefield group antigens in 27% of the strains. All of the isolates were found to be susceptible to vancomycin, ceftriaxone, cefepime, cefotaxime, levofloxacin, and linezolid. Erythromycin, clindamycin, tetracycline, and chloramphenicol resistance was found in 16%, 6%, 5%, and %1 of the isolates, respectively. Ampicillin and penicillin resistance were determined by the E-test method. One Streptococcus anginosus strain was resistant to ampicillin and penicillin, and two S. anginosus isolates were found to be intermediately susceptible to ampicillin. According to API 20 STREP results, 41% of the isolates were identified as genus level, 45% were S. anginosus, 5% were Streptococcus constellatus, and 1% were Streptococcus intermedius. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) results were found to be 56% S. anginosus, 24% S. constellatus, and 8% S. intermedius. No band was detected in 12% of the strains. It has been determined that the biochemical identification scheme of the Streptococcus milleri group has not yet been fully defined. According to the antibiotic susceptibility results, the development of resistance in SMG is not critical. Commercial kits are unsatisfactory in identifying this group, and the studies should be supported with molecular methods.
Objective: The aim of this study was to differentiate the strains of Streptococcus milleri group (SMG) bacteria using molecular, biochemical and semi-automated techniques and to investigate the results of susceptibility to commonly used antibiotics in treatment. It was anticipated that the study would draw attention to some important points about SMG bacteria and to determine their epidemiological importance. Materials and method: A total of 100 streptococcal bacteria were included in our study. Biochemical tests and the API 20 STREP semiautomatic identification kit were used for species identification. Species identifications were confirmed by amplification of the target gene regions (HYL-MIX-U, HLY-INT-D, HLY-CC-D, 16S-ANG-U, 16S-ANG-D, ILY-4DFw, ILYwholeC Bw) by polymerase chain reaction (PCR). Results: Voges-Proskauer tests of all strains were positive, whereas hippurate hydrolysis and pyrrolidinyl arylamidase (PYR) tests were negative. All strains were evaluated in terms of Lancefield group antigen, and it was found that 42% were G, 26% were F, and 5% were C group antigen. It was not possible to determine antigen type with Lancefield group antigens in 27% of the strains. All of the isolates were found to be susceptible to vancomycin, ceftriaxone, cefepime, cefotaxime, levofloxacin, and linezolid. Erythromycin, clindamycin, tetracycline, and chloramphenicol resistance was found in 16%, 6%, 5%, and %1 of the isolates, respectively. Ampicillin and penicillin resistance were determined by the E-test method. One Streptococcus anginosus strain was resistant to ampicillin and penicillin, and two S. anginosus isolates were found to be intermediately susceptible to ampicillin. According to API 20 STREP results, 41% of the isolates were identified as genus level, 45% were S. anginosus, 5% were Streptococcus constellatus, and 1% were Streptococcus intermedius. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) results were found to be 56% S. anginosus, 24% S. constellatus, and 8% S. intermedius. No band was detected in 12% of the strains. It has been determined that the biochemical identification scheme of the Streptococcus milleri group has not yet been fully defined. According to the antibiotic susceptibility results, the development of resistance in SMG is not critical. Commercial kits are unsatisfactory in identifying this group, and the studies should be supported with molecular methods.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Streptococcus Milleri Grup, PZR, Lancifield Grup Antijeni, APİ, Voges-Proskauer, Lancefield Group Antigen, Streptococcus Milleri Group, Vogesproskauer, PCR, API
Kaynak
Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
6
Sayı
1
Künye
Günel, G., & Gürler, B. (2023). Streptococcus Milleri Grup (SMG) bakterilerinin biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanımlanması. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, 6(1), pp. 73-79. https://doi.org/10.26650/JARHS2023-1164336
