Detection of carbapenem resistance using the genotypic and phenotypic methods in Klebsiella pneumoniae

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-5812-4861en_US
dc.authorscopusid57191828834en_US
dc.authorwosidJXE-3236-2024en_US
dc.contributor.authorDurmuş, Mehmet Akif
dc.contributor.authorAydın, Mustafa Derya
dc.date.accessioned2024-03-23T08:47:51Z
dc.date.available2024-03-23T08:47:51Z
dc.date.issued2024en_US
dc.departmentFakülteler, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalıen_US
dc.description.abstractAim: This study aimed to detect the carbapenem resistance of the Klebsiella pneumoniae strains, isolated from clinical specimens with genotypic and phenotypic methods. Material and Methods: A total of 87 Klebsiella pneumoniae strains whose carbapenem resistance was determined by disc diffusion method were included in the study. Carbapenemase was investigated using the combined disk method and polymerase chain reaction (PCR). Results: The evaluation of the PCR results demonstrated that OXA was detected in 60 (68.9%) samples, NDM was detected in 20 (22.9%), OXA + NDM in 5 (5.7%), and KPC was detected in 1 (1.1%) out of 87 clinical samples. Carbapenemase was not detected in one specimen with the PCR method. The results were found compatible with the combined disc test results for all isolates which were detected as only OXA, NDM, and KPC type carbapenemase positive. In 5 (5.7%) strains in which the co-existence of NDM and OXA type carbapenemases was detected by PCR, the combined disc method detected only OXA type carbapenemase. Conclusion: The combined disk method is inadequate in the presence of strains that have multiple carbapenemases, and also have OXA which is the most frequently detected carbapenemase in our hospital. EUCAST recommends verification by other methods in the presence of OXA-48. Genotypic methods can be used for confirmation testing. The detections of strains with NDM, multiple carbapenemases, and the first detection of KPC were striking in the study. Monitoring the spread of these strains in the hospital will be necessary for infection control.en_US
dc.description.abstractBu çalışmada, klinik örneklerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin genotipik ve fenotipik yöntemler ile saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Disk difüzyon yöntemi ile karbapeneme dirençli bulunan toplam 87 Klebsiella pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Karbapenemaz varlığı kombine disk yöntemi ve polimeraz zincir reaksiyonu (polymerase chain reaction, PCR) ile araştırılmıştır. Bulgular: PCR sonuçları değerlendirildiğinde, 87 klinik örnekten 60 (%68,9) örnekte OXA tipi, 20 (%22,9) örnekte NDM tipi, 5 (%5,7) örnekte OXA + NDM tipi ve 1 (%1,1) örnekte ise KPC tipi karbapenemaz saptandığı görülmektedir. Bir örnekte ise PCR yöntemi ile karbapenemaz bulunamamıştır. Tek başına OXA, NDM ve KPC tipi karbapenemaz pozitifliği saptanan izolatların tamamı için sonuçların kombine disk testi ile uyumlu olduğu bulunmuştur. PCR yöntemi ile NDM ve OXA tipi karbapenemazın birlikte olduğu 5 (%5,7) örnekte ise kombine disk yönteminde sonuç OXA tipi karbapenemaz olarak bulunmuştur. Sonuç: Kombine disk yöntemi, aynı anda birden fazla karbapenemaz bulunduran suşların bulunması ve hastanemizde en sık saptanan karbapenemaz tipinin OXA olması nedeni ile yetersiz kalmaktadır. EUCAST, OXA-48 varlığında diğer yöntemlerle doğrulanmasını önermektedir. Doğrulama testi olarak genotipik yöntemler kullanılabilir. NDM tipi karbapenemazın artmakta olduğu, birden fazla karbapenemazı taşıyan suşların görülmeye başlaması ve ilk defa KPC tipi karbapenemazın bulunması dikkat çekicidir. Bu suşların hastanede yayılımının takip edilmesi enfeksiyon kontrolü açısından önemli olacaktır.en_US
dc.identifier.citationDurmuş, M. A., & Aydın, M. D. (2024). Detection of carbapenem resistance using the genotypic and phenotypic methods in Klebsiella pneumoniae. Duzce Medical Journal, 26(1), pp. 15-20. https://doi.org/10.18678/dtfd.1383748en_US
dc.identifier.doi10.18678/dtfd.1383748en_US
dc.identifier.issn1307-671X
dc.identifier.issue1en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-85192463269en_US
dc.identifier.scopusqualityQ4en_US
dc.identifier.startpage1520
dc.identifier.trdizinid1232344
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.18678/dtfd.1383748
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.13055/677
dc.identifier.volume26en_US
dc.identifier.wosWOS:001260510700004en_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.indekslendigikaynakWeb of Scienceen_US
dc.institutionauthorAydın, Mustafa Derya
dc.language.isoenen_US
dc.publisherDuzce University Medical Schoolen_US
dc.relation.ispartofDuzce Medical Journalen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectKlebsiella pneumoniaeen_US
dc.subjectCarbapenemen_US
dc.subjectCarbapenemaseen_US
dc.subjectKlebsiella pneumoniaeen_US
dc.subjectKarbapenemen_US
dc.subjectKarbapenemazen_US
dc.titleDetection of carbapenem resistance using the genotypic and phenotypic methods in Klebsiella pneumoniaeen_US
dc.title.alternativeKlebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem direncinin genotipik ve fenotipik yöntemler ile saptanmasıen_US
dc.typeArticleen_US
dspace.entity.typePublication

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Tam Metin / Full Text
Boyut:
431 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Kapalı Erişim
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Temel Tıp Bilimleri Bölümü Koleksiyonu
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
TR Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu